Avogadroで分子モデリング

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Posted: March 11, 2016
WordPressの記事をアーカイブ化したものです。

この記事を書いた人
「牧岡ふうふ堂」オーナー。博士(工学)。
酒都圏在住。
某地方の国立系工業大学でアシスタントをしていました。 専門は有機反応・金属錯体(主に希土類)・π共役系。
twitterアカウントは@makiokafufudo(お仕事用)、@ymakioka(個人用)です。

分子の三次元モデルを描くのに、私はAvogadroを使ってます。

AvogadroはWindowsでもLinuxでもMac OSでも使用可能。私はMac OS上で動かしてます。

ダウンドードはAvogadroのオフィシャルサイト(http://avogadro.cc/wiki/Main_Page)へ。

以下、Macの場合。

オフィシャルホームページからダウンロードページへ移動して、欲しいバージョン(.zipファイル)をダウンロードし、ダブルクリックしてできる.dmgファイルをまたダブルクリックして、フォルダをアプリケーションフォルダ等、適当なところへ移動します。

そしてAvogadroアイコンをダブルクリックするなり、なんかするなりしてAvogadroを起動すればよいわけですが、macOSがそれを許してくれないケースがあります。「App Storeにないソフトだから許さん」と。まぁ、セキュリティ上そうしているだけの話ですので、「システム環境設定」から「セキュリティとプライバシー」を選んで、南京錠を外してなんか書いてあるメッセージ通りにすると、Avogadroの起動が許されます。

で、肝腎の描き方ですが、慣れないうちは鉛筆マークと手裏剣マークだけ意識していればいいと思います。

・「鉛筆マーク」では、左クリックまたはドラッグで原子を追加。右クリックでは削除

・手裏剣マークでは、ドラッグで分子モデルを眺める角度を変更、マウスホイールで拡大縮小

てな具合です。

もう一つ覚えておくといいのが、メニューバーの「Extensions」の「ジオメトリ最適化」。テキトーに3次元モデルを描いていても、ジオメトリ最適化できれいな構造にしてくれます。

とまぁ、ここに書いたことだけを頭に入れた上でいじってみると、扱い方をわりかしすんなりとマスターできるのではと思います。

グリグリまわしてジャンジャン描きましょう!

 

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