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論文のX線結晶解析のデータを画像化する方法

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Posted: July 22, 2019

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この記事を書いた人

「牧岡ふうふ堂」オーナー。博士(工学)。
酒都圏在住。
某地方の国立系工業大学でアシスタントをしていました。専門は有機反応・金属錯体(主に希土類)・π共役系。
twitterアカウントは@makiokafufudo(お仕事用)、@ymakioka(個人用)です。

やり方は色々あるのでしょうが、私はこれで。

論文を読んでいると、X線結晶解析から得られた図に出くわすことがあります。論文の著者さんたちは著者さんなりに解りやすい方向から図を作成しているのですが、読む側としてはいろんな角度から詳しく見てみたいとか、複数の原子間の距離や角度を知りたいと思ったりもするものです。

いい機会(?)なので、私が今やっている安直な方法をご紹介します。

使うものはAvogadroというソフトウェア。

WindowsでもMacでもその他のOSでも動くスグレモノ。私が普段から使っている、分子モデリングやその周辺の諸々ができます。

論文のSupporting Informationにある、X線結晶解析のデータ、つまり、CIF形式のファイルをダウンロードして、開くだけ。

こんだけです。

試しにこの論文のSupporting InfrmationからCIFファイルをダウンロードして開くとこんな感じ。

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